FSSP được thành lập vào ngày 18 tháng 7 năm 1988[7][8] tại Đan viện Hauterive[9] bởi mười hai Linh mục và một nhóm gồm hai mươi Chủng sinh. Những vị Linh mục và Chủng sinh này đã từng là thành viên thuộc Huynh đoàn Thánh Piô X[10]. Theo yêu cầu của Đức Hồng Y Joseph Ratzinger, ngay sau khi thành lập FSSP, Đức Giám Mục Josef Stimpfle[11] – Giám mục Giáo phận Augsburg,[12] đã cấp cho FSSP một nhà ở Wigratzbad và nhà thờ Đức Bà Maria ở Bavaria. Tại đây, Đại Chủng Viện của FSSP được thành lập và là Nhà Mẹ của Huynh Đoàn. Mặt khác, Nhà Tổng Quyền được đặt tại Fribourg, Thụy Sĩ.

Năm 2013, kỷ niệm 25 năm thành lập, Huynh Đoàn Linh Mục Thánh Phêrô đã được Đức Giáo Hoàng Phanxicô gửi thư chúc mừng, ban phép lành Tòa Thánh kèm theo Ơn Toàn Xá cho toàn thể thành viên.[13][14][15]